长门作为火影忍者中的重要角色，拥有极其强大的能力体系，其核心力量源自轮回眼。轮回眼赋予他操控生死、掌控查克拉流动以及施展多种高阶忍术的能力。长门最著名的三大绝招包括神罗天征、万象天引和地爆天星。神罗天征能将忍术、攻击和一定范围的物体弹开，威力最大时甚至摧毁了整个木叶隐村；万象天引则与之相反，能够强行吸引指定物体；地爆天星是轮回眼的禁术，通过制造黑色球体吸引周围物体形成巨大岩石球体进行封印。这些能力奠定了长门作为顶级忍者的基础。

长门的能力不仅限于单纯的攻击型忍术，还包括精妙的查克拉控制和通灵术。他能够通过查克拉黑棒传导查克拉干扰对手，同时具备操控外道魔像的能力。外道魔像是十尾的躯壳，长门曾用它抽取他人灵魂，但这种能力对自身反噬极大。在秽土转生状态下，长门的能力得到进一步增强，包括更灵活的查克拉运用和时空忍术的掌握。他的轮回眼还能共享视野，使得操控的佩恩六道能够全方位监视战场，这种能力在群体作战中极具优势。

长门的战斗风格融合了远距离压制与近身防御。他擅长利用轮回眼的特殊能力制造战斗节奏，通过神罗天征的冷却时间差布置战术。在防御方面，他能够施展封术吸印吸收对手忍术，或开启防护罩抵挡攻击。青年时期的长门还掌握了五遁忍术，能够根据战况切换风、水、土、雷、火五种属性攻击，这种多变的战斗方式使对手难以预测。长门的能力消耗巨大，特别是地爆天星等高阶忍术会大幅削减其查克拉和寿命。

作为晓组织的首领，长门将能力开发到了极致。他创造的佩恩六道系统将轮回眼的能力分散到六具尸体上，每具尸体专注于一种特殊能力。天道掌控引力与斥力，修罗道精通机械改造，人间道擅长读取记忆，畜生道负责通灵术，饿鬼道能够吸收查克拉，地狱道则具备修复其他佩恩的能力。这种分工使长门能够同时应对多种战斗局面，而本体则隐藏在安全位置操控全局。这种战斗体系充分体现了长门作为战略家的思维。

从少年时期的基础忍术训练，到青年时期掌握五遁忍术，再到获得轮回眼后的能力飞跃，最终形成完整的佩恩六道战斗体系。即使在秽土转生状态下，他仍能展现出超越生前的实力，包括同时对抗多名影级忍者的壮举。长门的能力体系在火影忍者世界观中具有里程碑意义，为后续轮回眼使用者的能力设定奠定了基础，也体现了岸本齐史对忍者战斗系统的精心设计。